Identification of marking polimorfic microsatellites in the genome of Dioscorea trífida Lf. “sachapapa”
Roberson Ramírez, Pedro Adrianzén, Marianela Cobos y Juan Castro
Centro de Investigaciones de Recursos Naturales (CIRNA)
Universidad Nacional de la Amazonia Peruana (UNAP), Apartado postal 496S Facultad de C. Biológicas
DOI: https://doi.org/10.33017/RevECIPeru2011.0049/
RESUMEN
El objetivo principal del estudio fue identificar y evaluar marcadores microsatélites polimórficos presentes en el ADN genómico de D. trífida L.f. “sachapapa”. Para esto se modificó el protocolo CTAB 2X que permitió obtener ADN genómico de buena calidad con un ratio de 1,78 y una cantidad de 186,9 g/ml, mostrando ser aceptable para la amplificación de los microsatelites; del mismo modo se estandarizaron y amplificaron los marcadores microsatélites polimórficos, con seis pares de iniciadores, cuyos productos de amplificación variaron en un rango de 100 a 200 pb. Los 6 pares de iniciadores microsatélites utilizados no mostraron productos inespecíficos, resultando los iniciadores MTI3 y MTI10 más polimórficos con un contenido de información polimórfica (PIC) de 0,84 y 0,81 respectivamente. Sin embargo; el iniciador MTI4 resultó con menor polimorfismo con un PIC de 0,52. Se encontró una ligera dependencia entre el número de alelos diferentes y el contenido de información polimórfica (PIC) con un índice de correlación relativamente alta (r 2= 0,69). Se concluye que la técnica de obtención y purificación de ADN genómico de D. trífida L f. es ideal para extraer ADN genómico, asimismo los 6 pares de marcadores microsatélites estandarizados son adecuados para futuros trabajos a nivel molecular en esta especie.
Descriptores: Microsatélites, Dioscorea trífida L f., ADN genómico, PIC.
ABSTRACT
The main objective of the study was to identify and evaluate polymorphic microsatellite markers present in genomic DNA D. trífida Lf. To modify this was achieved 2X CTAB protocol that yielded genomic DNA good quality with a ratio of 1.78 showing to be acceptable for the amplification and an amount of 186.9 g/ml of the microsatellites, the same way were standardized and polymorphic microsatellite markers amplified with six pairs of primers, whose amplification products varied in the range of 100 to 200 bp. The 6 microsatellites primer pairs showed no nonspecific products, resulting initiators MTI10 MTI3 and more polymorphic polymorphic information content (PIC) of 0.84 and 0.81 respectively. However; the initiator was less polymorphism MTI4 with a PIC of 0.52. There was a slight dependence between the number of different alleles and polymorphic information content (PIC) with a relatively high correlation index (r2 = 0.69). We conclude that the technique of production and purification of genomic DNA from D. trífida L f. is ideal for extracting genomic DNA, also the 6 pairs of microsatellite markers are adequate standard for future work at the molecular level in this species.
Keywords: Dioscorea trífida L f., Microsatellite, genomic DNA, PIC.